Согласно постановлению ВСУ (от 29.09.2015 по делу № 810/1638/13-а**) – действующее законодательство предусматривает обязанность субъектов хозяйствования получать как разрешение на специальное водопользование, так и специальное разрешение на пользование участком недр.
При этом специальное разрешение на пользование недрами дает право добывать подземные воды, а разрешение на специальное водопользование право их использовать.

Водный кодекс Украины
Статья 48 Специальное водопользование
Не относятся к специальному водопользованию:
забор и/или использование воды в объеме до 5 кубических метров в сутки, кроме используемой для производства (входит в состав) напитков и фасованной питьевой воды;
Кодекс Украины о недрах
Статья 23 Право землевладельцев и землепользователей на добычу полезных ископаемых местного значения, торфа, подземных вод (кроме минеральных) и пользование недрами для других целей {Название статьи 23 с изменениями, внесенными Законом № 867-VIII от 08.12.2015}

Землевладельцы и землепользователи в пределах предоставленных им земельных участков имеют право без специальных разрешений и горного отвода добывать полезные ископаемые местного значения и торф общей глубиной разработки до двух метров, а также подземные воды (кроме минеральных) для всех нужд, кроме производства фасованной питьевой воды, условия, что объем добычи подземных вод из каждого водозабора не превышает 300 кубических метров в сутки.

Государственное агентство водных ресурсов Украины.
ЗУ «О внесении изменений в некоторые законодательные акты Украины, регулирующие отношения, связанные с получением документов разрешительного характера
специального водопользования»
Статья 49 Право на осуществление специального водопользования 
Разрешение на специальное водопользование выдается территориальными органами центрального органа исполнительной власти, реализующими государственную политику в сфере развития водного хозяйства.
Указ Президента Украины "О Положении о Государственном агентстве водных ресурсов Украины" от 13 апреля 2011 года N 453/2011
Госводагентство Украины входит в систему органов исполнительной власти и образуется для реализации государственной политики в сфере развития водного
хозяйства и мелиорации земель, управления, использования и воспроизводства поверхностных водных ресурсов

<30 дней
ЗУ «О внесении изменений в некоторые законодательные акты Украины, регулирующие отношения, связанные с получением документов разрешительного характера
специального водопользования»
Выдача или предоставление отказа в выдаче разрешения на специальное водопользование осуществляется в течение 30 календарных дней со дня поступления заявления и документов, необходимых для выдачи разрешения.